在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在纳米学院中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、与一群来自不思议迷宫的冈布奥们过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家表示友好。